Hallo Rika,

Kongorot in SDS bedeutet, dass der Farbstoff "Congo Red" in Sodium Dodecyl Sulfat gelöst ist. SDS ist ein Mittel, das die Oberflächenspannung von Wasser reduziert und gleichzeitig das damit benetzte Objekt weicher und aufnahmefähiger macht. Der Farbstoff kann dann besser einziehen. SDS ist wichtiger Bestandteil in vielen Waschmitteln, Duschgels etc.
Kongorot / NH3 bedeutet, dass "Congo Red" eben in Ammoniak gelöst wird, nicht in SDS. Ammoniak hat ebenfalls die Eigenschaft, das benetzte Gewebe weich und ausnahmefähig zu machen. Sogar noch stärker als SDS.

So, daraus kannst Du also sehen, dass es einerseits ums Färben als solches geht, dafür dient das Kongorot, andererseits um die optimale Vorbereitung des zu färbenden Objektes. Dazu nutzt man dann verschiedene Mittelchen, die entweder (wie im Falle von Kongorot) das (Pilz-)Gewebe saugfähiger machen sollen oder im Falle von anderen Färbemitteln ein Austrocknen des Präparates verhindern sollen und gleichzeitig einen etwas besseren Brechungsindex als Wasser bieten: Lactoglyzerol, Lactophenol, Glycerinethanol, GSM, L4 und was es da alles noch gibt. Alles sind mehr oder weniger ähnlichen Mischungen mit Glyzerol und einem Weichmacher.

ABER!!!
Das ganze macht eigentlich nur Sinn, wenn man mit nicht-frischem Material hantiert. Habe ich Frischmaterial, dann brauche ich keine Weichmacher, dann brauche ich nichts gegen Austrocknung des Präparates (außer ich will Dauerpräparate herstellen) - ich brauche einfach nur ein Färbemittel. Das kann dann genausogut in Wasser gelöst sein - vorausgesetzt der Farbstoff löst sich in Wasser überhaupt.

Im Falle von Helotiales ist es aber noch etwas komplizierter, denn da verändern sich Strukturen beim Absterben des Fruchtkörpers oft recht drastisch. Sporen und Asci schrumpfen um bis ca. 30 %, Zellinhalt fließen ineinander oder verschwinden ganz, u. ä. Fiesheiten.

Da Kongorot als ziemlich toxische Substanz gilt (auf den Menschen bezogen), kann es gut sein, dass auch eine wässrige Lösung letal für die Asacomyceten-Strukturen ist. Ich werde das bei Gelegnheit ausprobieren, denn ich muss eh wieder neues Kongorot ansetzen. Da werde ich gleich mal ein paar Fläschen Kongorot /H2= machen, in verschiedenen Konzentrationen. Ich könnte mir vorstellen, dass eine stark verdünnte wässrige Lösung immer noch ganz nette Färbe-Ergebnisse bringt und die armen kleinen Orbilchen trotzdem am Leben lässt.
Beim Kresylblau ist es ja auch so, dass da eine Verdünnug meines Kresylblaus reicht. Ein bischen CB auf den Objektträger und einen Tropfen Wasser daneben, das reicht meist. Da musst Du einbischen rumspielen und testen, wieviel CB aus dem Fläschchen in wieviel Wassertropfen eine gute Färbung der Sporenkörper bringt, ohne das ganze Präparat einheitlich tiefviolettblau zu färben.

So, für's erst mal. Wenn noch Fragen sind - bitte gerne. Bin aber kein Chemiker ....