Hygrocybe conica ITS-Sequenzierung

Hallo zusammen

Anlässlich einer Semesterarbeit sequenziere ich selbst gesammelte Kollektionen von Hygrocybe conica. Als Methode ist eigentlich die ITS-Sequenzierung gedacht. Jedoch habe ich im Paper von Babos et al., 2011 (Preliminary notes on dual relevance of ITS sequences and pigments in Hygrocybe taxonomy.) gelesen, dass von 6 sequenzierten conicas "five of the six ITS sequences were identical". So etwas lese ich natürlich nicht besonders gerne Sind jemandem alternative Genloci bekannt, die sich für die Sequenzierung von Saftlingen eignen und vielleicht auch schon erprobt wurden?
Vielen Dank schon mal für jeden Tipp!

Gruss Svampskogen

Hallo zusammen
Anlässlich einer Semesterarbeit sequenziere ich selbst gesammelte
Kollektionen von Hygrocybe conica. Als Methode ist eigentlich die
ITS-Sequenzierung gedacht. Jedoch habe ich im Paper von Babos et al., 2011
(Preliminary notes on dual relevance of ITS sequences and pigments in
Hygrocybe taxonomy.) gelesen, dass von 6 sequenzierten conicas "five
of the six ITS sequences were identical". So etwas lese ich natürlich
nicht besonders gerne Sind jemandem alternative Genloci bekannt, die
sich für die Sequenzierung von Saftlingen eignen und vielleicht auch schon
erprobt wurden?
Vielen Dank schon mal für jeden Tipp!
Gruss Svampskogen

Hallo Svampskogen,

Gut gewähltes/gestelltes (und anspruchsvolles) Thema für ne Semesterarbeit. Die conica-nigrescens Gruppe hätte ich auch gerne vorrangig genetisch geklärt. Man mag nicht recht glauben, daß das alles ein und dieselbe Art ist.

Da die ungeklärten Abgrenzungen (eigene Art vs. Varietät vs ident) bei Hygrocybe ja meist mit Farbabweichungen Hand in Hand gehen, wäre m.E. der Hit, wenn man die Loci untersucht, welche die Pigmentproduktion codieren. Aber dafür müßte man erst einmal diese Genabschnitte gefunden haben, oder hat man das etwa schon? Detailliertere Antworten auf Deine Frage kann ich aber leider nicht geben.
Danke für den Literaturhinweis (Babos) und ich hoffe, Du berichtest dann hier vom Ergebnis Deiner interessanten Untersuchung.

Brauchst Du noch Untersuchungsmaterial? Reicht 1 mittelgroßer Fk für so eine Analyse aus? Ich habe heuer 1 Conica-Exsikkat angefertigt, weil ich an dem Exemplar auffällig fand, wie zögerlich es schwärzte (es ist auch beim Trocknen nicht komplett schwarz geworden)

Beste Grüße
Martin

Hallo Martin

Da die ungeklärten Abgrenzungen (eigene Art vs. Varietät vs ident) bei
Hygrocybe ja meist mit Farbabweichungen Hand in Hand gehen, wäre m.E. der
Hit, wenn man die Loci untersucht, welche die Pigmentproduktion codieren.
Aber dafür müßte man erst einmal diese Genabschnitte gefunden haben, oder
hat man das etwa schon?

Ich befürchte, dass man diese Genregionen noch nicht ausfindig gemacht hat (oder?). Wäre aber sicher sehr interessant solche Regionen zu analysieren.

Danke für den Literaturhinweis (Babos) und ich hoffe, Du berichtest dann hier
vom Ergebnis Deiner interessanten Untersuchung.

Ja die Studie ist echt sehr interessant. Einige spannende Zitate daraus:
"The sequence of H34, identified as H. conica var. conica, however, represents a separate species."
"Hygrocybe punicea and H. splendidissima proved to be identical based on ITS sequences." (was sie auch immer als H. splendidissima bestimmt haben.)

Brauchst Du noch Untersuchungsmaterial? Reicht 1 mittelgroßer Fk für so eine
Analyse aus? Ich habe heuer 1 Conica-Exsikkat angefertigt, weil ich an dem
Exemplar auffällig fand, wie zögerlich es schwärzte (es ist auch beim
Trocknen nicht komplett schwarz geworden)

Da ich schon bald mit der DNA-Isolation beginne, muss ich leider vorläufig auf weiteres Trockenmaterial verzichten. Falls ich später noch Zeit habe und das Geld reicht, wäre ich natürlich interessiert daran weiteres Material zu erhalten. Vielleicht mache ich dann einen Aufruf hier im Forum mir interessante conica-Kollekte zu schicken
1 Fruchtkörper ist mehr als genug übrigens, davon brauche ich schlussendlich nur ein winziges Stückchen

Beste Grüsse Svampskogen

Beste Grüße
Martin

Hallo Svampskogen,

könnte mir gut vorstellen, dass die Frage was für dieses Forum ist, da schauen ganz sicher die richtigen Leute rein:

http://forum.dgfm-ev.de/

die brauchen da jetzt auch dringend g'scheiten Diskussionsstoff *bg*

Grüßle
Jürgen

Hallo Svampskogen,

wenn nur 5 von 6 gleich waren, dann gibt's doch gute Chancen, mit ITS was herauszubekommen, wenn auch vielleicht nicht die ganze Wahrheit. Meine bescheidene Laienmeinung dazu ist, dass man, wenn es um die taxonomische Auflösung auf Artebene geht und noch keine umfangreichen methodischen Vorarbeiten im zu untersuchenden Formenkreis vorliegen, doch am besten mit ITS anfangen sollte, bevor man sich auf andere loci stürzt, die in aller Regel nicht besser sind. Also mach erst mal ITS, danach kannste weiterschauen.

VG Jesko

Hallo zusammen
Anlässlich einer Semesterarbeit sequenziere ich selbst gesammelte
Kollektionen von Hygrocybe conica. Als Methode ist eigentlich die
ITS-Sequenzierung gedacht. Jedoch habe ich im Paper von Babos et al., 2011
(Preliminary notes on dual relevance of ITS sequences and pigments in
Hygrocybe taxonomy.) gelesen, dass von 6 sequenzierten conicas "five
of the six ITS sequences were identical". So etwas lese ich natürlich
nicht besonders gerne Sind jemandem alternative Genloci bekannt, die
sich für die Sequenzierung von Saftlingen eignen und vielleicht auch schon
erprobt wurden?
Vielen Dank schon mal für jeden Tipp!
Gruss Svampskogen

@ alle Interessierten, die aber zu faul sind selbst zu googeln: hier der direkte link zu der erwähnten Arbeit von Babos aus Persoonia (Volltext Englisch):
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3160800/

@ Svampskogen: hier noch ein link zur Promotion von Halasz Kristian, einem der Mitautoren des Babos-Artikels, in der es auch um Hygrocybe-ITS-Analysen geht, die aber im Babos'schen Lit.Verz. fehlt (vllt weil Ungarisch so stressztűrőképességű zu lesen ist?). Volltext Ungarisch pdf, mit English Abstract:
http://teo.elte.hu/minosites/ertekezes2009/halasz_k.pdf

@ Jürgen: Kommst Du ins dgfm-Forum rein?? Ich versuch es seit einigen Wochen vergeblich, bekomme immer Zeitüberschreitung. Und nein, ich bin da nicht gesperrt. Aber auch nicht registriert oder Mitglied bislang.

Grüße
Martin

Kommst Du ins dgfm-Forum rein?? Ich versuch es seit einigen Wochen vergeblich, bekomme immer Zeitüberschreitung. Und nein, ich bin da nicht gesperrt. Aber auch nicht registriert oder Mitglied bislang. <<

Hallo,

Die URL http://forum.dgfm-ev.de muss mit allen Browsern funktionieren.

Vielleicht selbst auf eine Software 'reingefallen, mit der man Seiten sperren kann? Ich will versuchen, zu helfen! Weiteres bitte per E-Mail (browser, genaue Fehlermeldung, ...).

wolfgang.pruefert@t-online.de
(Admin vom DGfM-Forum)

Kommst Du ins dgfm-Forum rein?? Ich versuch es seit einigen Wochen

vergeblich, bekomme immer Zeitüberschreitung. Und nein, ich bin da nicht
gesperrt. Aber auch nicht registriert oder Mitglied bislang.
http://forum.dgfm-ev.de muss mit allen Browsern funktionieren.
Vielleicht selbst auf eine Software 'reingefallen, mit der man Seiten sperren
kann? Ich will versuchen, zu helfen! Weiteres bitte per E-Mail (browser,
genaue Fehlermeldung, ...).
wolfgang.pruefert@t-online.de
(Admin vom DGfM-Forum)

Lieber Wolfgang,

Sehr aufmerksam, Danke. PM done.

Grüße
Martin

Hi Svampskogen,

viel Spaß bei diesem Projekt! Um deine Frage kurz zu beantworten:
Wenn du merkst das du mit ITS nicht weiterkommst, dann sind momentan folgende Loci angesagt:

LSU
rpb2
rpb1
atp6
MCM7
Elongationfactor

wobei LSU relativ leicht zu amplifizieren geht.
Bei rpb2 wirst du bei Trockenmaterial wohl auf Ganit beißen, hier eignet
sich wohl besser Frischmaterial eingelegt in CTAB-Puffer.

LG FELIX

Besten Dank allen für die Antworten!

ITS-Sequenzierung werde ich auf jeden Fall machen, einen 2. Genlocus zusätzlich anzuschauen, wäre natürlich aber interessant. An rpb 1 und 2 hatte ich auch schon gedacht, dass Trockenmaterial (was ich benutze) für dem rpb 2 ungeeignet ist, war mir unbekannt.
Vielen Dank Felix für die Auflistung verschiedener Loci!
Vielleicht werde ich den Beitrag auch noch im DGFM-Forum veröffentlichen.

Beste Grüsse Svampskogen

Hi Svampskogen,
viel Spaß bei diesem Projekt! Um deine Frage kurz zu beantworten: Wenn du
merkst das du mit ITS nicht weiterkommst, dann sind momentan folgende Loci
angesagt: LSU
rpb2
rpb1
atp6
MCM7
Elongationfactor
wobei LSU relativ leicht zu amplifizieren geht.
Bei rpb2 wirst du bei Trockenmaterial wohl auf Ganit beißen, hier eignet
sich wohl besser Frischmaterial eingelegt in CTAB-Puffer.
LG FELIX